К основным минусам при применении упрощенной системы налогообложения относят в первую очередь вероятность потери клиентов, плательщиков НДС.

Поскольку организация, находящаяся на УСН не уплачивает НДС и не выставляет счетов-фактур, то клиенты не могут предъявить суммы НДС по этим сделкам к возмещению из бюджета.

Кроме того, существуют ограничения видов деятельности, при которых возможно применение УСН, например организации, осуществляющие страховую и банковскую деятельность не вправе применять УСН (полный список указан в ст. 346 НК).

Применение УСН ограничивает организации в праве создания представительств и филиалов.

Так же, одним из существенных минусов, является необходимость уплаты минимального налога 1%, при системе налогообложения доходы-расходы даже если организацией получены убытки.