В данный момент требование вести воинский учет распространяется на все организации, включая субъектов малого предпринимательства. Это обязательная процедура, если в штате компании есть хотя бы один военнообязанный работник.

В то же время закон не содержит упоминаний о том, что индивидуальный предприниматель должен вести воинский учет.
 
На практике военкоматы требуют отчетность о сотрудниках не только у организаций, но и у ИП. Ведомство объясняет это тем, что при оформлении трудового договора с военнообязанными или подлежащими призыву гражданами все работодатели запрашивают соответствующие документы. Такая процедура предусмотрена Трудовым кодексом и является обязательной.
 
Запрос военкоматов о предоставлении информации нельзя игнорировать, в противном случае возможны штрафные санкции.
Кроме того, контролирующие службы могут предъявить претензии, если у ИП отсутствуют документы по военнообязанным сотрудникам.
Наиболее рациональный выход из такой ситуации – это добровольная организация процесса и сдача в военкомат предусмотренной законом отчетности. При постановке учета индивидуальному предпринимателю следует руководствоваться правилами, утвержденными для организаций. 
 
Формально у ИП нет обязанности вести воинский учет. Он вправе это делать по собственной инициативе и тем самым избежать штрафов и конфликтов с военным ведомством. 
Велика вероятность, что в ближайшее время законодатели откорректируют действующие нормы, и обязанность ведения такого учета распространится для всех индивидуальных предпринимателей.