Налогоплательщик при получении частичной оплаты в счет предстоящих поставок должен исчислить и уплатить НДС в бюджет с полученных сумм предоплаты (пп. 2 п. 1 ст. 167 Налогового кодекса РФ). Сумма НДС при этом определяется в порядке, установленном п. 4 ст. 164 НК РФ, то есть по расчетной ставке (п. 1 ст. 168 НК РФ).

Налогоплательщик, в соответствии с п. п. 1 и 3 ст. 168 НК РФ, не позднее пяти календарных дней обязан выставить соответствующий счет-фактуру на сумму полученной предоплаты.

Требования к счету-фактуре, выставляемому при получении оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок определены п. 5.1 ст. 169 НК РФ. Минфин России в Письме от 06.03.2009 N 03-07-15/39 дал рекомендации о порядке заполнения счетов-фактур, выставляемых при получении предоплаты.

Пунктом 2 ст. 169 НК РФ определено, что счета-фактуры, составленные и выставленные с нарушением порядка, установленного п. п. 5, 5.1 и 6 ст. 169 НК РФ, не могут являться основанием для принятия предъявленных покупателю продавцом сумм налога к вычету или возмещению.

Из буквального толкования указанной нормы следует, что положения п. 2 ст. 169 НК РФ распространяется на случаи принятия к вычету НДС покупателем, но не продавцом, который при получении предоплаты выставляет счет-фактуру как покупателю, так и самому себе.

Таким образом, положения п. 2 ст. 169 НК РФ не применяются в случаях, когда продавец принимает к вычету НДС по счету-фактуре, выставленному им при получении предоплаты. Следовательно, если продавцом при выставлении самому себе счета-фактуры на сумму полученной предоплаты требования, предусмотренные п. 5.1 ст. 169 НК РФ, соблюдены не полностью, то данное обстоятельство не является основанием для отказа в принятии к вычету суммы НДС по «авансовому» счету-фактуре.

Таким образом, мы считаем выводы налогового органа являются неправомерными.
Такой же позиции придерживается Минфин России (Письмо от 09.04.2009 N 03-07-11/103).