
В письме Минфина № 03-07-14/39827 от 07.08.02016 указано, что согласно ст. 161 п.3 НК РФ для применения НДС для таких случаев может применяться специальный порядок. Если органы власти любого уровня (включая местное самоуправление) предоставляют в аренду компании муниципальное, региональное или федеральное имущество, то обязанность выплачивать НДС ложится на налогового агента, которым признается арендатор. А налоговой базой становится общая сумма всех арендных выплат (учитывая величину налога).
Если в аренду компании передается муниципальное имущество, которое не является собственностью, а находится в оперативном управлении органа власти, никакого особого порядка по начислению и выплате НДС кодексом не предусматривается (глава 21 НК РФ). Если какая-либо из организаций передает в аренду муниципальное имущество, которое находится в ее оперативном управлении, плательщиком НДС остается организация-арендодатель.